对迅雷，有不少争议。由于迅雷所谓的P2SP技术其实只是通过“盗链”的技术，利用非正常方式从多个站点下载消息，在2006年06月02日，迅雷遭到众多网站封杀，其中包括华军软件园、天空软件站等中国大陆内知名的下载站点。
　　然而一周之后，迅雷就和华军软件园达成了和解，并表明共同开发，共同进步的立场。

迅雷强制上传
　　2007年迅雷提供电驴下载模块，但是因其吸血驴的特性遭到大部分电驴软件的屏蔽，因此其电驴下载速度稳定性等一直非常不好！
　　迅雷的另一个重大争议是迅雷一方面通过积分等手段诱使用户长时间挂迅雷，另一方面又在用户不知情的情况下强制在后台进行上传，并且在软件中设置了一个毫无用处的“上传限速”功能，肆无忌惮地欺骗用户，令人感到尤为愤怒。
　　《南方都市报》在《迅雷被质疑“盗窃用户文件”》一文中做出如下评论：
　　长期以来，迅雷大量占用用户网络和电脑资源的情况一直广遭非议，不少迅雷用户发现，每当打开迅雷后便会出现系统运行缓慢、网络堵塞，甚至无法打开网页或QQ、MSN的情况。究其原因，是迅雷在用户不知情的情况下以接近网络极限的速度进行文件上传，上传速度视乎宽带的情况而定，小的50-70k，大的高达数百k，往往占尽了宽带的上行速度。在如此高的上传速度下，会造成用户其他网络应用的无法进行，以及拖慢用户电脑的运行速度。
　　尽管迅雷提供了上传速度的限制设置，但记者使用中也发现，实际的上传速度远远大于该限制值。此外，迅雷软件还会不断地以几秒一次的速度刷新和下载广告，也是降低用户电脑运行速度和网络速度的一大原因。
　　很多网友呼吁,“我们不反对迅雷上传文件，但鄙视它偷偷上传，至少应该让用户知道，否则与偷窃无异；或者可以有效设置上传的参数，或者上传速度更智能些，总不能把用户的带宽全耗在它身上。”
　　
　　虽然迅雷07年在设置中加入了上传限制功能，但使用Net Meter等软件进行简单测试就能得知这个上传限制功能根本是用来欺骗用户的幌子，即使将其上传限制为1KB/S，迅雷实际还是会使用所有带宽进行上传，在上传速度极限为50KB/S的ADSL上，迅雷经常会占用30-40KB/S的带宽进行上传，严重影响了用户的网速。更为严重的是，迅雷不仅在下载时上传，在下载完成后、甚至是任务被彻底删除后依然还会继续进行上传，通过Net Meter可以清楚地看到只要一打开迅雷，上传流量就会从0KB/S迅速上升到30-40KB/S，即使是重装迅雷甚至重装操作系统都不能阻止迅雷的上传。
　　《电脑商情报》在2008年1月29日第5期17版《迅雷再遭大面积抵制》中对其进行了爆光和谴责，在该文的截图中可以很清楚地看到迅雷在开着的时候（无任何任务），上传速度达到了39.1KB/S。使用Windows任务管理器即可看到迅雷的上传，方法是：Windows任务管理器→“联网”标签→查看→网卡历史记录→勾选“发送字节数”和“接收字节数”，然后打开迅雷即可看到红色的上传曲线出现，一关闭迅雷红色上传曲线就归零，说明上传是迅雷导致的。
　　迅雷的强制上传对共享上网的用户危害尤其大，例如寝室里有几个同学是用一条4M的ADSL（下载约400KB/S上传50KB/S）共享上网，此时如果有4个人用比特精灵下载并限为下载50KB/S上传3KB/S，那上传下载带宽都大概会用掉一半，此时玩游戏的同学并不会感觉卡。但一旦有人开了迅雷，即使什么都不干，那上传带宽也会被迅雷消耗殆尽，此时游戏就会卡得根本不能玩。
　　如果用户使用的是上传速度较高的小区100M宽带或者光纤，迅雷的强制上传将会达到数百K甚至数M，这意味着长时间的每秒数十次甚至上百次的高负荷读盘，这将很有可能降低用户硬盘的寿命，甚至因为长期读写过热而直接导致用户硬盘的损坏。
　　现在可以使用三种技术手段阻止迅雷的上传：
　　① 阻止下载时上传
　　在下载时使用AppBand或NetLimiter之类的第三方工具限制迅雷的上传带宽，一般限制为15KB左右即可
　　http://www.onlinedown.net/soft/58938.htm
　　这里要注意，迅雷的主程序不是Thunder\Thunder.exe，这是个幌子，真正的主程序是Thunder\Program\Thunder5.exe
　　② 阻止下载后上传
　　在下载时把文件统一放在一个文件夹，如D:\TDDOWNLOAD，然后在下载完成后就将文件移走，迅雷找不到文件自然就不会进行上传
　　③ 阻止所有上传
　　通过技术手段可以得知，迅雷（v5.7.6.426左右版本）将下载过的文件列表保存在c:\windows\system32\cid_store.dat中（可以使用记事本打开查看），如果在system32下生成cid_store.dat文件失败时，又会保存在Thunber\Program\cid_store.dat，只要阻止cid_store.dat的生成就能阻止迅雷的所有上传。
　　如果磁盘是NTFS格式，可以删除cid_store.dat 的所有继承权限来防止cid_store.dat 的生成，具体方法是右击c:\windows\system32\cid_store.dat文件→属性→安全→高级→取消“从父项……”勾选→删除→确定→是，然后在Thunber\Program下建立一个空的cid_store.dat文件，同样操作一次。
　　如果要恢复访问权限，则右击cid_store.dat文件→属性→安全→添加→输入“Everyone”→确定→勾选“完全控制”→确定
　　此前曾有网友发表文章称迅雷会自动扫描用户电脑上的文件，并进行自动上传，严重侵犯了用户的隐私。针对这一说法，迅雷公司今日发表声明，对是否扫描了用户的文件进行了解释。
　　以下是来自迅雷公司的说明：
　　“以用户的需求为服务宗旨，维护用户的利益”迅雷四年如一日的秉承最初理念，不断完善用户体验，成长为全球最大下载引擎，雷友过亿。能够支撑迅雷飞速发展而受到越来越多用户喜爱的，不仅仅是高于同类下载软件十几倍的速度，“安全”也同样是广大网友高度认可的，更是迅雷自身极度重视的责任。
　　日前，有些互联网初级用户，对迅雷的功能及使用并不完全知晓，有对其安全性能的猜测，甚至是缺乏责任感的质疑，更有些无稽之谈。
　　迅雷公司表示：需要向网友说明迅雷的重要功能特点。迅雷已经是一款绝对领先的智能下载软件，但凡经常使用迅雷的用户都对其非常熟悉并肯定无疑，希望初级用户了解其卓越的安全性能从而更好的运用。
　　1.安全为先，迅雷软件从来没有也永远不会扫描用户的电脑。
　　Process Monitor可以监视一个进程的各种操作，比如文件访问操作，但是这些文件和目录并不是在扫描用户的硬盘，而是在加载程序所需要的库文件和读取配置文件等操作，这些操作任何一个软件都会做。就拿微软的IE来举例，用Process Monitor监视IEXPLORE.EXE进程的文件访问操作，IE也会访问很多系统目录　
　　因此，软件扫描系统文件夹下的一些文件是正常的，因为Windows程序很多时候要用到DLL，这些是共用资源，访问不会有安全问题。
　　2.共享精神，只有通过迅雷下载的文件才会进行上传。
　　迅雷除了自身下载的文件是不会上传其他任何文件的，哪怕仅仅是文件名相符。为了证明这点，试在迅雷的下载目录中先放入一个热门下载资源，例如“海贼王343.rmvb”。现在打开迅雷下载一些文件，可以看到迅雷根本没有读取刚才放入的那个文件。
　　因此，迅雷不会扫描用户的硬盘，只会上传通过迅雷下载的文件。
　　3.自主使用，迅雷提供上传的控制功能，用户可以根据需要对上传进行控制，不存在强制占用用户带宽的问题。迅雷充分尊重用户的选择，在迅雷里完全允许用户来自由地根据自己上网的情况来自行设置上下行带宽，而且设置后就会生效。（P.S：睁着眼睛说瞎话，上传限制根本没用）
　　设置上传限制
　　用户的需求决定了互联网应用的发展方向，推动其发展速度的则是强大且领先的技术力量。正如迅雷公司将近400人的优秀技术研发团队，属实为互联网发展日新月异地贡献着力量。诚然，迅雷作为一个行业的领军者在开拓前行，有容乃大，相信无论出于何种目的的用户体验及建议，都将更好的促进了迅雷的发展与完善。

迅雷与超级兔子：
　　
　　　“迅雷”与“超级兔子”起争议：迅雷吸血驴在今年4月初就收到迅雷公司律师函的超级兔子软件作者蔡旋因为发布“超级兔子版迅雷”而被叫停。尽管超级兔子已经按照律师信的要求删除所有“迅雷(超级兔子版)软件”，但依然未能逃脱被告的现实，7月9日，开庭审理此案！
　　7月9日法院审判结果：
　　综上所述，我们可以得出四点结论：
　　1、原告以自己的行为许可了被告对于迅雷软件的复制、修改行为;
　　2、被告的行为并没有损害到原告的利益;
　　3、被告无需向原告道歉;
　　4、被告开发兔子版迅雷的动机是善意的。
　　因此要求法院驳回原告的全部诉讼请求。